五年春正月辛亥，故明宜春王硃议衍据汀州为乱，总兵官于永绶擒斩之。癸丑，免太原、平阳、潞安三府，泽、沁、辽三州灾赋。癸亥，和硕肃亲王豪格师还。衍禧郡王罗洛宏卒于军，至是丧归，辍朝二日。
二月甲戌，金声桓及王得仁以南昌叛。辛巳，江南官军复无为州，福建官军复连城、顺昌、将乐等县。癸未，免济南、兗州、青州、莱州上年灾赋。辛卯，以固伦公主下嫁巴林部塞卜腾。壬辰，以吕逢春为山东巡抚，李鉴为宁夏巡抚。故明贵溪王硃常彪、恢武伯向登位寇沅州，纛章京线国安等讨斩之。
三月己亥，贝子吞齐、尚善等讦告和硕郑亲王济尔哈朗，罪连莽加、博博尔岱、鰲拜、索尼等，降济尔哈朗为多罗郡王，莽加等降革有差。辛丑，和硕肃亲王豪格有罪，论死。上不忍置之法，幽系之。庚戌，命谭泰为征南大将军，同何洛会讨金声桓。辛酉，以耿焞为宣大山西总督。甲子，武大定犯宁羌，游击张德俊等大破之。
四月丁卯，以杨兴国为顺天巡抚。戊辰，免渭原、金县、兰州卫灾赋。壬申，官军复建宁，斩故明郧西王硃常湖等。己卯，封科尔沁杜尔伯特镇国公色冷为贝子。庚辰，遣固山额真阿赖等驻防汉中。壬午，大军克辰州，遂破永宁，至全州，故明督师何腾蛟遁，获贵溪王硃长标、南威王硃寅卫、长沙王硃由栉等。铜仁、兴安、关阳诸苗、瑶来降。丙戌，命刘之源、佟图赖为定南将军，驻防宝庆，李国翰为定西将军，驻防汉中。丁亥，吴三桂自锦州移镇汉中。
闰四月戊戌，复济尔哈朗爵为和硕郑亲王。癸卯，以李国英为四川巡抚。己未，以迟日益为湖广巡抚。癸亥，命贝子吞齐为平西大将军，同韩岱讨陕西叛回。
五月己丑朔，日有食之。戊辰，官军破叛回于巩昌，复临洮、兰州。辛未，游击张勇破叛回于马家坪，获故明延长王硃识駉，斩之。壬午，以赵福星为凤阳巡抚。癸未，以硃延庆为江西巡抚。甲申，官军破金声桓，复九江、饶州。己丑，以刘弘遇为安徽巡抚。
六月甲午朔，免西安、延安、平凉、临洮、庆阳、汉中上年灾赋。癸卯，以周文业为甘肃巡抚。甲辰，额塞等大破叛回于兰州，馀党悉平。丙辰，京师地震有声。癸亥，太庙成。
秋七月丁丑，初设六部汉尚书、都察院左都御史，以陈名夏、谢启光、李若琳、刘馀祐、党崇雅、金之俊为六部尚书，徐起元为左都御史。
八月癸巳朔，金声桓、王得仁寇赣州，官军击走之。己亥，陈泰、李率泰等败郑彩于长乐，又败之于连江，复兴化。己巳，命和硕英亲王阿济格、多罗承泽郡王硕塞等讨天津土贼。丁未，禁民间养马及收藏军器。己酉，以王一品为凤阳巡抚。壬子，令满、汉官民得相嫁娶。乙卯，以夏玉为天津巡抚，张学圣为福建巡抚。
九月壬戌朔，官军获故明巡抚吴江等于南康湖口，斩之。甲子，和硕英亲王阿济格讨曹县土贼，平之。己巳，封贝勒勒克德浑为多罗顺承郡王，博洛为多罗端重郡王。壬申，和硕郑亲王济尔哈朗为定远大将军，讨湖广贼李锦。丁丑，封贝勒尼堪为多罗敬谨郡王。
冬十月壬寅，和硕礼亲王代善薨。甲辰，佟图赖复宝庆。丙辰，降将刘泽清结曹县贼叛，泽清及其党李洪基等俱伏诛。
十一月甲子，广东叛将李成栋据南雄，结□蛮犯赣州，巡抚刘武元等击走之。丙寅，总兵官任珍击贺珍，破之。戊辰，祀天于圜丘，以太祖武皇帝配。追尊太祖以上四世：高祖泽王为肇祖原皇帝，曾祖庆王为兴祖直皇帝，祖昌王为景祖翼皇帝，考福王为显祖宣皇帝；妣皆为皇后。上诣太庙上册宝。辛未，以配天及上尊号礼成，御殿受贺，大赦。辛未，和硕英亲王阿济格、多罗端重郡王博洛、多罗承泽郡王硕塞等帅师驻大同，备喀尔喀。
十二月辛卯朔，命郡王瓦克达，贝子尚善、吞齐等诣阿济格军。调八旗游牧蒙古官军之半，戍阿尔齐土苏门哈达。癸巳，姜瓖以大同叛，总督耿焞走阳和。丙申，免平山、隆平、清丰灾赋。戊戌，阿济格围大同。辛丑，复遣梅勒章京阿喇善、侍郎噶达浑诣阿济格军。癸卯，免大同灾赋。壬子，杨捷等复都昌，获故明兵部尚书余应桂，斩之。丁巳，以佟养量为宣大总督。