嘉庆元年，河决丰汛，刷开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸。是冬，漫口塞，凌汛复蛰陷。次年，东西两坝并蛰，二月工始竣。自丰工决后，若曹工、睢工、衡工，几于无岁不决。九年，因山东运河浅塞，大加濬治；又预蓄微山诸湖水为利运资。然自是以后，黄高于清，漕艘转资黄水浮送，淤沙日积，利一而害百矣。十二年，仓场侍郎德文等请挑修张家湾正河，堵筑康家沟以复运道，御史贾允升请挑濬减河，均下直督温承惠勘办。承惠请濬温榆河上游。上命侍郎托津、英和偕德文等覆勘。寻奏言：“频年漕运皆藉温榆下游倒漾之水，以致泥沙淤积。若从上游深挑，直抵石坝，实为因势利导。惟地势高下，须逐细测量，俾全河毫无滞碍方善。”制可。
十三年，通州大水，康家沟坝冲决成河，张家湾河道遂淤。仓场侍郎达庆请来年粮艘由康家沟试行一年，暂缓挑复张家湾河身。上命尚书吴璥往勘，与达庆议合，遂允之。明年，御史史祜言，康家沟河道难行，请复张家湾正河。下直督温承惠。承惠言：“康家沟溜势奔腾，漕船逆流而上，大费纤輓。该处地势正高，恐旱乾之岁，河水一泻无馀，漕行更为棘手。惟张家湾两岸沙滩，坝基难立，而正河积淤日久，挑濬亦甚不易。”上复遣工部尚书戴均元往勘，亦言坝基难立，且时日已迫，恐河道未复，漕运已来，请仍由康家沟行，再察看一年酌定。如所请行。时淮、扬运河三百馀里浅阻，两淮盐政阿克当阿请俟九月内漕船过竣，堵闭清江三坝，筑坝断流，自清江至瓜洲分段挑濬。下部议。覆称：“近年运河浅阻，固由叠次漫口，而漫口之故，则由黄水倒灌，倒灌之故，则由河底垫高，清水顶阻，不能不借黄济运，以致积淤溃决，百病丛生。是运河为受病之地，而非致病之原。果使清得暢出敌黄，并分流济运，则运口内新淤不得停留，旧淤并可刷涤。若不除倒灌之根，而亟亟以挑濬运河为事，恐旋挑旋淤，运河之挑濬愈深，倒灌之势愈猛，决堤吸溜，为患滋多。”命尚书托津等偕河督勘办。十八年，漕督阮元以邳、宿运河闸少，水浅沙停，请于汇泽闸上下添建二闸。下江督百龄核奏。
道光元年，山东河湖山水并发，戴村坝迤北堤埝漫决六十馀丈，草工刷三十馀丈，四女寺支河南岸汶水旁泄处三。用巡抚姚祖同言，于正河旁旧河形内抽沟导水济运，兼顾湖潴。三年，漫直隶王家庄，由各?汛赔修。是岁添筑戴村坝北官堤碎石坝四。四年，侍讲学士潘锡恩陈借黄济运之弊，略言：“蓄清敌黄，为相传成法。今年张文浩迟堵御黄坝，致倒灌停淤，酿成巨患。若更引黄入运，河道淤满，处处壅溢，恐有决口之患。”下尚书文孚等妥议。
自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚，而历年借黄济运，议者亦知非计，于是有筹及海运者。五年，上因漕督魏元煜等筹议海运，群以窒碍难行，独大学士英和有通筹漕、河全局，暂雇海船以分滞运，酌折漕额以资治河之议，下所司及督抚悉心筹画。卒以黄、运两河受病已深，非旦夕所能疏治，诏于明年暂行海运一次。
新授两江总督琦善言：“臣抵清江，即赴运河及济运、束清各坝逐加履勘。自借黄济运以来，运河底高一丈数尺，两滩积淤宽厚，中泓如线。向来河面宽三四十丈者，今只宽十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，并有深不及五寸者。舟只在在胶浅，进退俱难。济运坝所蓄湖水虽渐滋长，水头下注不过三寸，未能暢注。淮安三十馀里皆然，高、宝以上之运河全赖湖水，其情大可想见。请饬河、漕二臣将河面淤垫处展挑宽深，再放湖水，藉资輓送，以期不误北上期限。”上以“借黄济运，原系权宜办理，孙玉庭察看漕艘挽运艰难，不早陈奏变计，魏元煜旧任漕督，及与颜检坐观事机败坏，隐忍不言，糜帑病民，是诚何心？令将运河淤垫一律挑深，费由玉庭、元煜、检分赔。”琦善又言，自御黄坝堵闭，运河淤垫不复增高，而洪湖清水蓄至丈馀，各船可资浮送，不敢冒昧挑濬。工费至省在百万外，玉庭等罄其所有，断无如许家资。更可虑者，欲濬运河，必先堵束清坝，阻绝来源，而后可以涸底挑办。现湖水下注湍急，束清坝外跌塘甚深，又系清水，不能挂淤闭气。设正事兴挑，而束清坝臌开，则工废半途，费归虚掷。请停止里、扬运河挑工，以免草率而节糜费。”允之。是年，筑温榆河上游果渠村坝埽。七年，东河总督张井、副总河潘锡恩请修复北运河刘老涧石滚坝、中河?南纤堤、扬粮二?东西纤堤及堤外石工，移建昭关坝。上遣英和等驰勘，乃定移昭关坝于其北三元宫之南，馀如所请行。