六年，台湾奸民张丙作乱，诏武隆阿往督师，未行而回疆乱急，授钦差大臣，与杨遇春同参赞扬威将军长龄军务，率吉林、黑龙江骑兵三千出关。七年二月，战於洋阿尔巴特，武隆阿将右军，扼其前，贼败走，追至排子巴特，又败之，进克沙布都尔回庄，乘胜至浑水河，悍贼数千来援，迎击破之，斩其酋色提巴尔第等。进次阿瓦巴特，贼伏精锐以待，遣羸师挑战，佯败，武隆阿整队进，以连环枪聚击，别遣藤牌军由山谷间道冲出，贼马惊却走，伏贼自林中出，不复成列，纵击之，殪贼万馀，斩其酋阿瓦子迈玛底、那尔巴特阿浑等。捷闻，加太子少保。贼垒踞浑河南岸，列大砲山穴，死守以拒，武隆阿军至不得进。日暮，偕杨遇春乘风潜渡上游袭贼后，贼数进数退，卒不支，始溃走，遂复喀什噶尔城。
张格尔闻败先遁，诏斥将军、参赞不能生致首逆，并被谴，夺武隆阿宫衔，责擒张格尔以自赎。武隆阿病留喀城，授喀什噶尔参赞大臣。诏询善后方略，长龄请以逆裔阿布都哈里管西四城回部事。武隆阿亦疏言：“留兵少则不敷战守，留兵多则难继度支。前此大兵进剿，幸克捷迅速，奸谋始息。臣以为西四城环逼外夷，处处受敌，地不足守，人不足臣，非如东四城为中路不可少之保障。与其糜有用兵饷於无用之地，不如归并东四城，省兵费之半，即可巩如金瓯，似无需更守此漏卮。”诏切责其附和长龄。会谍报张格尔潜居达尔瓦，武隆阿率师往击之，侍卫色克精阿等殁於阵，上愈怒，议革职，从宽留任。寻以病亟请解职，允之，命在喀城调理，病愈仍署原官。八年，张格尔就擒，免前后吏议。寻实授喀什噶尔参赞大臣，奏招抚归顺部落额提格讷布鲁特，安置依劣克达坂地。诏以“受降易，安抚难”勉之。召回京。
九年，陕、甘兵凯撤，给盐粮银依内地防军旧例，军士意不满，譁噪。那彦成疏言：“武隆阿战阵勇敢，而多疑少断，未洽人心。陕军嚣争，实其意存节省、拘泥成例所致，虑不胜参赞任。”及至京召对，语复掩饰，降头等侍卫。寻充和阗办事大臣。十年，召还。逾年，卒。
武隆阿回疆战功与二杨相埒，以言弃地获谴，未膺优赏。宣宗念前劳，仍列功臣，绘像紫光阁。八旗诸将同列者：都统威勇侯哈哴阿，护军统领阿勒罕保，库尔乌苏领队大臣副都统巴哈布，副都统苏清阿，阿克苏办事大臣副都统长清，塔尔巴哈台参赞大臣达凌阿，察哈尔都统安福，头等侍卫巴清德，吉林副都统吉勒通阿，喀什噶尔帮办大臣副都统衔额尔古伦，头等侍卫塔尔巴哈台办事大臣德勒格尔桑，头等侍卫华山泰，宁夏副都统伊勒通阿，吉林协领寿昌，黑龙江协领鄂尔克彦、全凌阿，黑龙江总管副都统衔舒凌阿，伊犁察哈尔总管乌齐拉尔，三等侍卫得胜额，吉林佐领乌凌额、德成额，黑龙江佐领占布、阿勒吉讷，伊犁锡伯佐领德克精阿，伊犁索伦副总管哈丹保，伊犁锡伯马甲防御衔骁骑校讷松阿、舒兴阿，而回子郡王伊萨克亦与焉。
哈哴阿，瓜尔佳氏，满洲正黄旗人。由世袭云骑尉为伯父额勒登保嗣，袭一等威勇侯，授头等侍卫、乾清门行走。嘉庆十八年，从剿滑县教匪有功，赐号继勇巴图鲁。二十一年，晋御前侍卫，兼副都统、武备院卿，历护军前锋统领。