时捻匪肆扰皖、豫间，以张洛行为最强。苗沛霖自踞寿州，逼走巡抚翁同书后，佯称就抚，阴与粤匪陈玉成勾结。署巡抚贾臻被围於颍州，久不解。楚军已克安庆，陈玉成退踞庐州。朝廷本意安徽军事属之李续宜，用为巡抚。沛霖旧隶胜保部下，心惮楚军，扬言胜保来始薙发。贾臻以闻，诏促胜保援颍州。同治元年，遣军先进，为贼所挫。三月，胜保至，击破贼垒，围乃解，加兵部尚书衔。多隆阿等克庐州，陈玉成遁走，沛霖诱擒之，献於胜保军。诏於军前诛玉成，赦沛霖罪，许立功后复官。沛霖拥众号十万，所属二百馀圩。与张洛行势敌相仇，自请剿之，心实叵测。诏询曾国籓、官文、李续宜、袁甲三等，皆主剿。独胜保一意主抚，上疏言事权不一，身为客军，地方掣肘，请以安徽、河南两巡抚帮办军务，允之。迭诏训饬，褒其才略，戒其骄愎。卒不悛，力言沛霖无他，而为李续宜所疑，恐激变。续宜奉旨进驻颍州，亦迄不至。
会陕西回乱炽，多隆阿援军阻隔不能遽达。遂授胜保钦差大臣，督办陕西军务。八月，转战至西安，解其围。降捻宋景诗中途率众叛走。东路同州、朝邑犹为回踞，诏责胜保专剿东路，命多隆阿进军分任西路。胜保力不能制贼，而忌多隆阿，擅调苗沛霖率兵赴陕，严诏斥阻，不听。命僧格林沁大军监制，乃止。於是中外交章劾胜保骄纵贪淫，冒饷纳贿，拥兵纵寇，欺罔贻误，下僧格林沁及山西巡抚英桂、西安副都统德兴阿察实奏上，密诏多隆阿率师至陕，传旨宣布胜保罪状，褫职逮京，交刑部治罪，籍其家。
二年，王大臣会鞫，胜保仅自承携妾随营，呈诉参劾诸人诬告之罪。诏斥其贪污欺罔，天下共知，苗沛霖已戕官踞城，宋景诗反覆背叛，皆其养筴贻患，不得谓无挟制朝廷之意；念其战功足录，从宽赐自尽，并逮其从官论罪有差。当其被逮也，降捻李世忠已擢至提督，请黜己官为之赎罪，不许。御史吴台寿疏言胜保有克敌御侮之功，无失地丧师之罪，请从末减。台寿兄台朗在胜保军中，诏斥党附，褫台寿职。
托明阿，栋鄂氏，满洲正红旗人。由侍卫擢护军参领，出为山东兗州营游击。从巡抚武隆阿征回疆，以功赐花翎。累擢曹州镇总兵，调四川松潘、重庆二镇。道光二十四年，擢四川提督，以病去职。二十七年，起授乌鲁木齐提督。调陕西，擢绥远城将军，整饬戎政，勤於训练。
咸丰三年，粤匪林凤祥等陷扬州，逼淮、徐，命率所部赴江南、山东交界防堵，进屯清江浦。贼窜滁州，托明阿赴援，与周天爵会剿。遂追贼至河南，迭战於睢州、杞县、陈留、中牟，进克汜水，歼贼千馀，被珍赉，命襄办军务。贼窜河北，围怀庆，乃渡河会诸军分路进攻，迭有斩获。贼筑土城树木栅以拒，合攻破之，擒斩数千。贼始遁，怀庆围解。论功，赐黄马褂，予西林巴图鲁名号。追贼山西，诏以胜保督师，命托明阿襄办。贼窜入直隶境，坐降五级留任，寻以伤剧解职回旗。四年春，病痊，命赴直隶，仍帮办僧格林沁、胜保军务。贼方踞阜城，坚守不出，诸军围之。托明阿屯东北，贼来扑，辄击退，突由东南隅窜出，踞连镇，夹运河。托明阿与都统西凌阿军东西两岸，围复合。
会琦善督师扬州，卒於军，命托明阿为钦差大臣，驰往代之，授江宁将军。自贼踞江宁，镇江、扬州皆陷，南北梗阻，大军分两路，向荣军江南，琦善军江北。江北军攻扬州不能克，贼弃城去，聚於瓜洲，与南岸镇江相犄角。江宁贼时乘钜簰顺流而下，陆师不能扼，水师力薄，亦不能制贼。上游浦口最当冲要，贼於沙洲结营，时图进窜。恃总兵武庆一军及道员温绍原六合练勇为屏蔽，亦不能进取。托明阿至军，令副将鞠殿华毁运河铁钅巢，提督陈金绶循东岸进攻，小有斩获。又截击贼簰，毙伪丞相黄起茅。自督舟师渡江，略北固山、金山而还。五年，瓜洲、镇江贼合犯仪徵，令副都统德兴阿、总兵李志和击退。又进军三汊河，诱贼败之。托明阿见僧格林沁於连镇、冯官屯皆以围墙制贼，议仿其法，於瓜洲筑长围以困之。然瓜洲滨大江，江路不断，且地势袤长不易守，实无足恃。围成，屡偕陈金绶进攻，无大胜利。江宁贼踞江浦石矶桥，武庆、西昌阿等驰击，克之。巡抚吉尔杭阿督师攻镇江甚急，於是议南北同时进剿。
六年二月，江宁贼大举援镇江，未得逞。渡江与瓜洲贼合，突越土围，四出纵火。官军战土桥竟日，伤亡多。托明阿营垒被毁，退三汊河，又退秦家桥，几不能军。陈金绶、雷以諴等亦退走，扬州遂陷。诸营溃散，惟德兴阿犹整军力战。向荣遣邓绍良渡江来援。越十日，复扬州，而江浦亦为贼踞。诏褫托明阿职，留营效力，寻以病归。