时石达开在湖北洪山，黄玉昆在江西临江，闻乱趋归。达开颇诮让昌辉，昌辉怒，将并图之。达开縋城走宁国，昌辉悉杀其母妻子女。秀全责以太过，昌辉负诛秀清功大，不服，率其党围攻伪天王府，秀全兵拒败之。昌辉遁，渡江为逻者所获，缚送金陵磔之，夷其族，传首宁国。甘言召达开回，既至，或谓达开兵众功高，请留之京师，解其兵柄，否则又一杨秀清也。秀全心动，乃命如秀清故事辅朝政。达开危惧不自安，其党张遂谋曰：“王得军心，何郁郁受人制？中原不易图，曷入川作玄德，成鼎足之业？”达开从之，乃还走安徽，约陈玉成、李秀成偕行，二人不从，益不能还金陵。於是始起事诸悍党略尽，乃以伪春官正丞相蒙得恩为正掌率，调度军事；伪成天豫陈玉成为右正掌率，伪合天侯李秀成为副掌率，兵事专属秀成、玉成，均听蒙得恩节制；而内政则秀全兄弟伪安王洪仁发、伪福王洪仁达操之。
时我军自克复庐州，寇党窜踞三河，分营金牛，一路壁垒相望，屡抗我师。八月，和春督军乘夜逾壕火其药局，梯城而入，寇仓皇夺门出，追毙之巢湖。生擒伪指挥张大有、伪将军秦标盛等十一名，歼贼五千馀。江南军克复高淳。九月，击败句容、溧水，二城近金陵为犄角。金陵闻其败，气阻，大营始安。巢县者，寇之老巢也，其水陆连营无数，所掠粮饷悉输金陵。巡抚福济与编修李鸿章督军攻复之。庐州所属州邑以次肃清。
七年正月，湖南援军吴坤修克安义、靖安，与民团会攻奉新，寇弃城遁。武昌之陷也，曾国籓遣彭玉麟援鄂；及石达开躏江西，连陷瑞、临、袁、吉、建、抚诸郡，又檄玉麟赴援。寻国籓以父丧归，上命彭玉麟协同载福调度军事。九江为江西重镇，皖、楚咽喉，寇力争天险，汇踞九江，而以对岸黄梅之小池口为外蔽，进以犯湖北，退以扰赣、皖，游行掉臂，防不胜防。大军自达九江、宿松，诸酋聚众数十万，城於小池口，以遏官军，图上窜。是月寇分三路入犯，距黄梅县城数十里，知县单瀚元请空城诱入，都兴阿从其计，伏军四起歼之。寇弃城走，截斩其伪捣天侯陈某，伪天王壻锺某、曾某三名。小池口寇闻之丧胆，乃筑坚城为固守计；复於段窑、枫树坳、独山镇诸处依山砌石，为垒数十，引水浚壕，阻我军东下。都兴阿遣鲍超、多隆阿、王国才等分攻，悉平其垒。
四月，玉成犯湖北，众号十万。李续宾壁小池，鲍超移屯黄梅，遏其冲，分途迎击，大破之，军威始振。五月，李续宾攻九江，掘长壕困寇，设伏败之马宿岭、茶岭诸处。越旬馀，安庆寇来援，合城寇三万，蜿蜒数里。我军水陆会剿，连战皆捷。闰五月，玉成复犯湖北，大小二十五战，亡七千有馀。时蕲、黄一路寇猖甚，蕲州诸军并挫，赖舒保力战，水师左光培扼巴河，得免上窜。官文令唐训方增军守要，约都兴阿力扼黄梅，严防后路。以是黄州上下烽火不绝，而武汉帖然无恙。六月，续宾浚长壕合水师力攻九江，宿松、太湖群寇纠合皖省饥民十馀万乘虚图武汉，且解九江之围。寇据黄梅、广济、蕲州、蕲水，分四路进，大小五十馀战，死万馀而势不稍衰。
初小池口之捷也，浔阳、湖口立望廓清；及皖寇上援九江，陆军梗阻，而上游水师又难骤撤，楚军马队不及万，寇所窜伏，崎岖泥淖，马队几无可施。惟将士一心，屹然不为所撼。杨载福、李续宾督水陆上援，多隆阿、鲍超攻贼童司牌，败之十里铺。寇造浮桥河中，东通北湖，西达武穴。续宾渡江平南岸寇屯，水师复焚寇艇，毁浮桥，寇不得逞。七月，黄梅寇以弱兵守垒，而以强悍骁勇者遍伏村落。多隆阿侦知，约鲍超直冲村落，毙五千馀，而其在蕲、黄者仍不下数万。官文督军五路进攻，杜其上窜，擒渠扫穴，蕲、黄路通。寻又大破皖寇於黄冈、蕲水界，克复瑞州，我军直抵小池口。小池口与浔城隔江对峙，为江、皖入楚冲途。寇垒石为城，深沟高垒。胡林翼以寇焰正衰，约诸军先拔小池口，亲督唐训方、李续宜等由蕲水达黄梅坡下，建碉以塞宿松上窜之路。侦知城内爨具已毁於砲，炊烟断熄，乃令水陆环攻，射火入城。我军乘乱而登，寇尽殄灭。全楚始一律肃清。