十月，寇自淳安扰及威坪，兵团御之，回窜蜀口。徽州北路寇窜至杞樟里，逼昌化昱岭二十里。先是江西瑞金、广昌、新城、泸溪大股寇窥伺福建，汀州、邵武防军力御之，遂折窜建昌，而瑞金一股窜踞福建之武平，寻陷汀州，凶焰甚张。句容寇至镇江汤冈筑垒，冯子材击之不下。宁国寇直趋四安，破长兴长桥卡防，分窜广坤、梅谿。严州寇连陷桐庐、新城。苏州寇分股扑金山，我军击败之，遂克枫泾镇。寇复纠苏、常大股袭广富林，图犯松江。守将向奎军单，败退。曾秉忠回援，寇窜宝山罗店，都司姜德设伏败之，还青浦。玉良克严州。
新城寇窜陷临安。初，寿昌被陷，金华知府程兆纶督民团复之，桐庐亦同时收复。於是寇众悉趋富阳，副将刘贵芳、总兵刘季三败死，城遂陷。旋收复，毁江口浮桥。侍贤复纠集临安寇陷馀杭，逼杭州省城。侍贤由严州还顾徽州，瑞昌等败寇秦山亭、古荡、观音桥，追至留下，寇弃垒走。省城解围，遂复馀杭。侍贤不得志於杭州，自馀杭直犯湖州。建昌寇间道犯铅山河口镇踞之。福建浦城、崇安，浙江衢州、常山、开化边防皆急。时徽州寇自深渡街口下窜天长，防军会水师大破於三河、衡阳等处。是股为天长葵天玉、陈天福会合秀成党三万馀众，将谋渡河分扰淮阳。秀成窜皖南，逾羊栈岭，陷黟县，鲍超大创之，城立复，再破之卢村，阵斩伪丞相吴桂先，秀成受伤遁徽州。国籓饬将屯守卢村，村距黟县二十五里。是时侍贤自严还徽，辅清盘踞旌德，环二百里皆寇。秀成复由江苏上犯，越岭肆扰。我军疾驰百馀里，力战两日，驱出岭，祁门大营始安。
赵景贤大破贼，解湖州城围。湖州自三月以来，迭被贼困，此赵景贤第三次解围也。先是寇踞杨家庄为老巢，以砺山、仁黄山为犄角，焚掠双林诸村镇，蔓延长兴、四安、太湖。景贤会军先攻砺山、仁黄，以孤老巢之势。我军踞仁黄，毁杨家庄，败寇西窜。天长寇掠下五庄舟船数百艘，欲犯湖路；我军克河口镇，复创之石谿；窜广丰，道员段起御之，寇间道走玉山。多隆阿、李续宜会军大破桐城寇陈玉成、龚得树於挂车河、鹤墩、香铺街等处，平寇垒四十馀，寇退奔舒城。
安庆者，江表之咽喉，实平吴之根本也。寇援安庆，水陆阻梗，不能直抵江宁。玉成眷属悉在安庆城中，邀合发、捻十馀万人，图解城围。多隆阿、李续宜虽力挫之，仍分屯庐江、桐城，复纠集下游江宁、苏、常援寇并力上犯，逼近枞阳、桐城乡村，眈眈以伺我军之隙，将挟江南寇势全力谋楚军。时届冬令，安徽城河水涸，道路纷歧。我军四路告急之书应接不暇，皖南、浙江之寇分三大枝窜入江西，祁门各营围裹於中，势颇危急。湖南道州寇亦窜江西。寇既陷吴，势必全力犯楚，此其深谋诡计。故安庆一城，寇以死力争之。
左宗棠之入景德也，闻南赣寇分党由贵溪过安仁，直扑饶、景，遣军迎败之周坊，寇窜陷德兴踞之。十一月，宗棠进克德兴，寇奔婺源，又克之。十日内转战三百馀里，寇惊为神速。彭斯举解玉山城围，寇窜衢境，犯常山，与兵团战，败走开化埠。杨辅清自池州率党窜陷东流，进陷建德。水师收东流，而建德防军溃退。国籓遣唐义训驰击，至利涉口，寇筑垒河洲，列队以待，并以马队扼拒各卡。我军分东西两路缘山上，立破其卡；前军夹击河洲寇，后军抄其背，寇败走。我军复分为三进攻，寇出东门逸，遂复其城。寇复陷彭泽，阑入浮梁，越一日复之。寇趋马影桥，逼湖口。玉麟督水陆军力击之，遂收彭泽。寇宵遁，陷都昌、鄱阳。我师驰至都昌，击退踞寇，复之。