永乐六年，命丰城侯李彬等缘海捕倭，复招岛人、醿户、贾竖、渔丁为兵，防备益严。十七年，倭寇辽东，总兵官刘江歼之于望海埚。自是倭大惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已。
至嘉靖中，倭患渐起，始设巡抚浙江兼管福建海道提督军务都御史。已，改巡抚为巡视。未几，倭寇益肆。乃增设金山参将，分守苏、松海防，寻改为副总兵，调募江南、北徐、邳官民兵充战守，而杭、嘉、湖亦增参将及兵备道。三十三年，调拨山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬，听总督南直军务都御史张经调用。时倭纵掠杭、嘉、苏、松，踞柘林城为窟穴，大江南北皆被扰。监司任环败之，经亦有王家泾之捷，乃遁出海，复犯苏州。于是南京御史屠仲律言五事。其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台。守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍。守鳖子门、乍浦峡，使不得近杭、嘉。守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一鲎冢脊呦八ち熘湟栽钏谥詈？诹炕杭敝梅馈！辈渴瞧湟椤Ｎ醇福恳嘌裕骸罢恪⒅薄⑼ā⑻┘渥罾剑倍嘤蒙炒圃簦牒裆驼袕浦７烙ǎ睾５何希艘蕴帧⒊缑鳌⒓味ā⑸虾Ｉ炒案２帧⒍傅却仄胀印⒋筢椤３虑侥苏恪⒅狈致分迹恰⒏６山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”报可。已，复令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、山五总添设游兵，听金山副总兵调度。
时胡宗宪为总督，诛海贼徐海、汪直。直部三千人，复勾倭入寇，闽、广益骚。三十七年，都御史王询请“分福建之福、兴为一路，领以参将，驻福宁，水防自流江、烽火门、俞山、小埕至南日山，漳、泉为一路，领以参将，驻诏安，水防自南日山至浯屿、铜山、玄钟、走马溪、安边馆。水陆兵皆听节制。福建省城介在南北，去海仅五十里，宜更设参将，选募精税部领哨船，与主客兵相应援”。部覆从之。广东惠、潮亦增设参将，驻揭阳。福建巡抚都御史游震得言：“浙江温、处与福宁接壤，倭所出没，宜进戚继光为副总兵，守之。而增设福宁守备，隶继光。漳州之月港亦增设守备，隶总兵官俞大猷。延、建、邵为八闽上游，宜募兵以备缓急。”皆允行。既而宗宪被逮，罢总督官，以浙江巡抚赵炳然兼任军事。炳然因请令定海总兵属浙江，金山总兵属南直，俱兼理水陆军务，互相策应。其后，莆田倭寇平，乃复五水寨旧制。
五寨者，福宁之烽火门，福州之小埕澳，兴化之南日山，泉州之浯屿，漳州之西门澳，亦曰铜山。景泰三年，镇守尚书薛希琏奏建者也，后废。至是巡抚谭纶疏言：“五寨守扼外洋，法甚周悉，宜复旧。以烽火门、南日、浯屿三鲎谖健⑿≯舳鲎谖伪Ｕ璋炎埽盅吹兀鞒廛匣嵘凇８娜凡谓乇浮７中履颊惚班，各九千人，春秋番上。各县民壮皆补用精悍，每府领以武职一人，兵备使者以时阅视。”帝皆是之。狼山故设副总兵，至是改为镇守总兵官，兼辖大江南北。迨隆庆初，倭渐不为患，而诸小寇往往有之。
万历三年，设广东南澳总兵官，以其据漳、泉要害也。久之，倭寇朝鲜，朝廷大发兵往援，先后六年。于是设巡抚官于天津，防畿甸。后十余年，从南直巡按御史颜思忠言，分淮安大营兵六百守廖角嘴。从福建巡抚丁继嗣言，设兵自浙入闽之三江及刘澳，而易海澄团练营土著军以浙兵。